レーシックは角膜を手術するため、感染症を引き起こす場合がある。屈折矯正手術に伴う角膜感染症の発生頻度は5,000例に1例程度とされる[19]。通常、レーシックを行う場所では、手術道具の消毒等が徹底的に行われている[20]が、2008年から2009年にかけ、東京・銀座にある眼科でレーシックによる近視の矯正手術を受けた患者67人が、感染性角膜炎などに集団感染していたことが判明した。中央区などによると、2008年9月から2009年2月にかけ、「銀座眼科」でレーシック手術を受けた患者639人のうち1割に当たる67人というかなりの高い割合で感染性角膜炎などを発症し、うち2人が入院。レーシック手術に適応するかチェックせず即日に手術を行うなどずさんな事前検査の体制や、日常的に手術室が待合室から見えるほど衛生的に隔離されておらず、また医療機器の滅菌消毒が不十分だったことが集団感染の原因と見ており、2009年2月に入って3回の立ち入り調査を行われた[21]。

レーシック手術前の屈折異常の度合いにより、術後に、暈（かさ）が見えたり、ものが二重に見えたり、コントラストが低下したり、グレアが現れる場合がある。このため、一律の基準で手術を施すのではなく、個々の患者ごとに状況を判断し、手術を行うことが重要であると言われている。

以下は、その他に報告されているレーシックの合併症の一部である。

術前より矯正視力が低下し、眼鏡やコンタクトレンズ、再手術によっても矯正できないことがある
過剰矯正および矯正不足
視力の変動
ゴースト像
フラップのしわ
フラップの下の塵や腫瘍
フラップの穴
照射のずれによる乱視
角膜拡張
飛蚊症
上皮侵食
後部硝子体剥離
黄斑円孔